Facultad de Agronomía y Agroindustrias
- Instituto de ciencias químicas (ICQ)
- Instituto de ciencia y tecnología de alimentos (ICyTA)
- Centro de investigaciones apícolas (CEDIA)
- Instituto para el desarrollo del árido y semiárido (INDEAS)
- Instituto de Investigación y Estudios en Enseñanzas de las Ciencias (IIEEC)
Facultad de Ciencias Exactas y Tecnologías
- Instituto de Tecnologías Aplicadas (ITA)
- Instituto de Recursos Hídricos (IRHi)
- Instituto de Materiales, Estructuras y Construcciones (IMEC)
- Instituto de Investigación en Informática y Sistemas de Información (IIISI)
Facultad de Ciencias Forestales
- Instituto de protección vegetal (INPROVE)
- Instituto de silvicultura y manejo (INSIMA)
- Instituto tecnológico de la madera (ITM)
- Instituto de Tecnologías Aplicadas (ITA)
- Jardín Botánico
Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y de la Salud
- Instituto de Estudios Sociales para el Desarrollo (INDES)
- Instituto de Investigación de Derecho del Mercosur Comunitario y Comparado (INDERMERC)
- Instituto Interdisciplinario y Regional de Investigación y Estudios en Gerontología (IIRGe)
- Instituto de Estudios para la Administración Pública (IDEAP)
- Centro de Estudios de Demografía y Población (CEDEP)
- Centro de Estudios en Ciencias Económicas (CECE)
- Centro de Investigaciones y Estudios en Educación Superior (CIEES)
- Centro de estudios y políticas para el niño y el adolescente (CEPNA)
Institutos que no pertenecen a facultades